八国联军入京,朝廷出奔,举国局势一度混乱。黄飞鸿(赵文卓饰)与父亲黄麒英(刘询饰)、十四姨(王静莹饰)、徒弟梁宽(莫少聪饰)、鬼脚七(熊欣欣饰)一行人南下番禹,欲与十三姨(关之琳饰)、猪肉荣(郑则仕饰)、牙擦苏(郭晋安饰)汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会,两帮人不打不相识,黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门,惊觉盗米竟是差役领班谢四(张铁林饰)指使。原来南海海盗趁局势混乱,活动频繁,使番禹一地早无官员统制,差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义,遂放弃赴港计划,与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀……本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。